野生环境下的马达加斯加大头侧颈龟是杂食性动物，相对来说更喜欢食用一些软体动物和鱼虾，马达加斯加大头侧颈龟的捕食能力很强，只有在少数情况下会吃一下植物。
人工饲养环境下，马达加斯加大头侧颈龟稚龟可以吃各种无脊椎动物、鱼、颗粒状的龟饲料和鱼饲料。以及大量的水生植物。成龟则是植食性的，如果给它们颗粒饲料和蛋白质，它们也会接受。对于成体来说，无需定期提供高蛋白的食物。可以每周投喂一到两次颗粒饲料，量不要多，其中陆龟饲料的比例要明显地多于水龟饲料(后者含有较高的蛋白质)。水箱里应该一直保持有充足的水生植物和绿叶蔬菜，而且品种也要多样化。
马达加斯加大头侧颈龟是世界上最为温和的水龟之一，它们在游泳和觅食时的动作都非常优雅。它们能很好地适应人工饲养的环境，并很乐意从饲主地手上摄取食物。是非常具有饲养乐趣的龟种之一。