因为卫生间并非洁净之地，所以不适宜放在吉位上，如生气位、文昌为等，否则会导致破财，事业走下坡路。必须将其放在绝命位、祸害位、六煞位上，这样可以相互压制，取以毒攻之效，化凶为吉。
卫生间风水中最理想的方位应该是正东与东南方。因为这两个方位皆属木，而卫生间主水，水能生木，卫生间的水汽能够生旺正东与东南部的五行木气。
同时，正东和东南两个方向是住宅采光较好的方向，充足的阳光有助于保持卫生间的干燥，防止各种病菌滋生。
卫生间不宜设在南方，因为南方的火气较重，在八卦里属火，容易形成水火不容的格局，房主会是非不断，易于卷入法律诉讼。
卫生间也不宜设在西南方，因为这个方向属土，卫生间强大的水能会造成土克水的格局。若卫生间设在此，则家中人的心脏和眼睛容易出现问题，女主人身体较弱。
卫生间设在西北角也是不好的，因为西北方在风水中是天门，象征父亲，如果将卫生间设在西北方，有污秽天门之嫌，令家中男主人健康、名声受损。
卫生间设在东北方也不吉，水能会破坏此方位原本的土能，家中男主人易得腰部和肾脏疾病，家中女主人易得妇科病。
而从风水角度讲，此方位被称为“后鬼门”，将卫生间设在次方位上，则家中夫妻感情不和，会有第三者介入，对子孙也极为不利。
卫生间也不宜开在房屋的中心位置，因为房子的中心点相当于人的心脏位置，如果拿来做最污秽的地点，影响住者的事业和财运。
而且根据“后天八卦”方位来论，中央位置五行属土，若将属水的卫生间设在属土的中央位置，会发生土克水的严重克相，财运不济。